Udając się do lekarza z podejrzeniem malarii, początkowo zostanie przeprowadzony wywiad medyczny. W jego trakcie lekarz wypyta o ostanie podróże. Wymieniając kraj, w którym malaria jest powszechną chorobą, lekarz zleci wykonanie badań diagnostycznych.
Podstawowym badaniem jest badanie krwi. W próbce sprawdza się obecność pierwotniaków, które wywołują malarię. Najczęściej wykonuje się rozmaz barwiony metodą Gemisy. Chcąc upewnić się odnośnie diagnozy, wykonuje się także testy bibułowe bądź reakcję łańcuchową polimerazy. Dzięki tej ostatniej metodzie, można dokładnie określić szczep pierwotniaka, jak również jego podatność na działanie leków przeciwmalarycznych. Należy wykluczyć także choroby, które posiadają podobne objawy, co malaria. Wysoką gorączkę mogą bowiem powodować takie choroby, jak białaczka, gruźlica, a nawet grypa.
W przypadku hospitalizacji, pacjenci zazwyczaj poddawani są specjalnym testom malarycznych, których wykonanie jest na tyle proste, że szybko można postawić diagnozę. Dopiero po uzyskaniu wszystkich wyników, określa się metody leczenia danego pacjenta. W zależności od rozwoju choroby, stosuje się m.in. chininę bądź chlorochininę.